חלוקת ספרי המקרא לפרקים ולפסוקים נערכה לראשונה בשנת 1205 ע"י הכומר האנגלי לנגדון. כמאה שנה אח"כ, נתקבלה החלוקה גם ע"י היהודים, וזאת בשל הוויכוחים הדתיים שהיהודים הוכרחו להשתתף בהם, ואשר מטרתם היתה להביא להמרת דתם של יהודים. מאחר שהוויכוחים נסבו על פסוקים שונים בתנ"ך, נאלצו היהודים לסמן או לקבל את סימון הפסוקים המקובל אצל הנוצרים.
החלוקה לפסוקים אינה מופיעה בספרי התורה שבבתי הכנסת, ולעתים קשה לקבוע היכן מסתיים פסוק. עד לתקופת בעלי התוספות נהגו במקומות שונים לחלק את הפרקים בצורה שונה.
החלוקה לפרקים אינה תמיד מתקבלת על הדעת; לעתים פרק נקטע, ולעתים שני מזמורים או קטעים חוברו בלי כל קשר ביניהם: תהלים י"ט הינו צירוף של שני מזמורים שונים בתוכן ובסגנון, ואילו מזמורים מ"ב ומ"ג השייכים ליצירה אחת, הופרדו לשני מזמורים שונים. ייתכן שהסיבה להפרדתם היא למנוע היווצרות של מזמורים ארוכים.
ניתן למצוא שוני בין החלוקה לפרקים ובין החלוקה לפרשות. בבראשית א'– לפי החלוקה לפרקים הפרק מסתיים לאחר פסוק 31, ואילו חז"ל ראו את היחידה מ-א' 1 ועד ב' 3, כאשר פסוקים 1-3 בפרק ב'מבליטים את השבת. בפרק הראשון הושם דגש על ששת ימי הבריאה, ואילו בפסוקים 1-3 בפרק ב'מודגשת השבת. באתנחתא שבפסוק 4 בפרק ב'נסגר סיפור אחד ומתחיל סיפור חדש. כאן בולט טשטוש הגבולות בין החלוקה לפרקים ולפרשיות.
